本案的核心是菲律宾最高法院对菲律宾航空公司（PAL）是否因其特许经营权中的“代替所有税费”条款而免于缴纳进口商品消费税的裁决。最高法院维持了税务上诉法院的判决，确认PAL有权获得消费税退款。这一裁决明确了，即使有“任何特别或一般法律规定”的反向条款，较早的特别法律（如PAL的特许经营权）仍然优先于之后的普通法律，除非特许经营权被明确修订或废除。这对享有类似特许经营权的公司具有实际意义，表明其免税权仍然有效，除非法律另有明确规定。

菲律宾航空的税收豁免：国会是否真的收回了特权？

菲律宾航空公司（PAL）根据总统令（PD）1590获得了运营国内和国际航空运输服务的特许经营权。该特许经营权的一个关键条款是“代替所有税费”条款，允许PAL缴纳公司所得税或特许经营税（以较低者为准），以此来代替所有其他税费。2005年，共和国法案（RA）9334对1997年《国家国内税收法》（NIRC）进行了修订，规定某些进口商品（包括烟草和酒精饮料）需缴纳消费税，即使这些商品注定用于免税商店，并声明“任何特别或一般法律规定”的反向条款无效。这引发了一个问题：RA 9334是否有效地撤销了PAL特许经营权中规定的消费税豁免权？

由于被评估了关于2007年2月和3月进口的用于国际航班上的香烟和酒精饮料的消费税，PAL在缴纳了相应的款项后，向国内税务局（BIR）提出了行政退税申请。由于国内税务局局长（CIR）方面没有采取适当的行动，PAL向税务上诉法院（CTA）提交了复审申请，案件编号为CTA Case No. 7868。税务上诉法院第二分庭裁定PAL胜诉，命令国内税务局局长和海关关长（COC）向PAL退还4,550,858.85菲律宾比索，该金额为2007年2月和3月PAL进口食品消费税。国内税务局局长和海关关长提出了复议动议，但均被驳回。此后，国内税务局局长向税务上诉法院全体合议庭提出复审申请，案件编号为CTA EB No. 942。海关关长随后也提出了自己的申请，案件编号为CTA EB No. 944。这些案件随后被命令合并审理。税务上诉法院全体合议庭驳回了国内税务局局长和海关关长的申请，从而有效维持了税务上诉法院第二分庭的判决。

最高法院强调，除非较早的法律被明确废除或修订，否则后面的普通法不会影响较早的特别法的特别规定。法院发现，RA 9334并未明确废除PD 1590，并且特许经营权明确规定，对特许经营权的任何修订或废除必须通过明确提及特许经营权的特别法律或法令进行。因此，根据PD 1590的第13条，PAL继续享有免税资格，有权获得进口商品的消费税退款。“代替所有税费”条款适用于消费税，法院强调之前已在菲律宾航空公司诉国内税务局局长案中承认了这一豁免。

国内税务局局长和海关关长辩称，根据PD 1590第13条，免征消费税的进口商品必须符合某些条件。进口的物资必须用于PAL的运输业务及其他相关活动，并且在当地无法以合理的数量、质量或价格获得。但法院认为，确定这些条件是否已经满足是税务上诉法院的职权范围。它是一个专门审查税务案件的机构。由于没有证据表明税务上诉法院的调查结果缺乏实质性证据支持，因此法院认为税务上诉法院的调查结果具有约束力。

FAQs

最高法院的判决强调了在菲律宾税法中特别法律（例如特许经营权）相对于普通法律的重要性。对于像菲律宾航空公司这样运营的公司来说，这项裁决重申了在没有法律明确更改或撤销的情况下，早期授予的特许经营权继续有效。“代替所有税费”的条款是一个重要的考虑因素，并且法院明确支持了根据其享有的免税权利来提起诉讼索回已缴税款的公司。

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